Pri ustroju Domobranstva Kvaternik se prvenstveno oslanjao na časnike i podčasnike hrvatskog podrijetla iz vojske bivše Kraljevine Jugoslavije, a uskoro su im pridruženi i Hrvati iz bivšeg austrougarskog domobranstva
Oružane snage Nezavisne države Hrvatske bile su podijeljene na četiri skupine: Domobranstvo, Oružništvo, Ustaška vojnica te razne poluvojničke postrojbe.
Domobranstvo – Redovna vojska NDH koja je stvarana i popunjavana novačenjem i mobilizacijom. Domobranstvo se počelo formirati istoga dana kada je proglašena NDH, 10. travnja1941. godine. Naime, u dokumentu o proglašenju NDH Slavko Kvaternik je objavio da kao poglavnikov opunomoćenik preuzima zapovjedništvo nad cjelokupnom oružanom snagom novoproglašene hrvatske države.
Nakon što je Pavelić napokon stigao u Zagreb i sastavio prvu vladu NDH, Kvaternik je imenovan ministrom hrvatskog domobranstva i zapovjednikom vojske te je dobio zadatak da organizira oružane snage nove države, a dobio je i titulu vojskovođa.
Pri ustroju Domobranstva Kvaternik se prvenstveno oslanjao na časnike i podčasnike hrvatskog podrijetla iz vojske bivše Kraljevine Jugoslavije, a uskoro su im pridruženi i Hrvati iz bivšeg austrougarskog domobranstva, koje je osnovano na temelju Hrvatsko-ugarske nagodbe iz 1868. Time se željelo pokazati da se nova hrvatska oružana snaga oslanja na tradicije domobranstva iz bivše Dvojne Monarhije. Grupu umirovljenih hrvatskih domobrana koji su se odazvali pozivi predvodili su Slavko Štancer, Ivan Perčević i Vladimir Laxa koji su ubrzo preuzeli vodeća mjesta u zapovjednom lancu domobranskih snaga.
Zanimljivo je da se u vojne snage NDH nisu primali Srbi ali je to promijenjeno sredinom 1942. godine, u skladu sa tadašnjom politikom popuštanja prema srpskom pitanju koju su Pavelić i vrhuška NDH bili prisiljeni provesti pod pritiskom Nijemaca.
16. travnja 1941. godine objavljena je službena ‘Temeljna uredba o ustrojstvu zapovjedništva vojske i ministarstva hrvatskog domobranstva’ prema kojoj je vojna sila NDH sastojala od ‘kopnene, zračne i pomorske vojske te oružništva i cjelokupnog prometa’.
Umirovljeni austrougarski pukovnik Slavko Štancer promaknut je u generala te je imenovan zapovjednikom kopnenih snaga.
Bivši kapetan jugoslavenskog kraljevskog zrakoplovstva dobio je čin pukovnika te zapovjedništvo nad zračnim snagama NDH, a Đuro Jakčin, bivši kapetan bojnog broda, imenovan je zapovjednikom plovnih snaga s činom kontraadmirala.
U prvih desetak dana od osnivanja NDH završeno je oblikovanje cijele strukture hrvatskih oružanih snaga. Pojedine pješačke pukovnije dobile su brojeve o0d 1 do 15, a bile su raspoređene na cijelom području NDH. Stožeri tih pukovnija bili su stacionirani u Zagrebu, Karlovcu, Osijeku, Požegi, Vinkovcima, Sarajevu, Tuzli, Travniku, Banja Luci, sisku, Otočcu, Mostaru, Trebinju i Kninu.
Pri ustrojavanju vojnih jedinica NDH se morala pridržavati smjernica koje im je propisala Njemačka. Tako su hrvatske bojne mogle imati samo 800 vojnika s naoružanjem od 800 pušaka i 16 strojnica jer su Nijemci smatrali da je to sasvim dovoljno za održavanje reda i mira u novonastaloj državi. Taj početni stav je zbog naglog jačanja partizanskog i četničkog pokreta ubrzo promijenjen te su se ubrzano formirale nove domobranske posrtojbe, ovoga puta bez ograničenja u ljudstvu, a i Nijemci su znatno pojačali svoje snage na području NDH, ali i u regiji.
Oružništvo – kao dio oružanih snaga NDH imalo je svoje zasebno zapovjedništvo, a osnovni zadatak mu je bio štiti javni red i mir te štiti osobnu i imovinsku sigurnost građana. Pavelićevom odredbom od 15. srpnja 1941. godine zapovjedništvo hrvatskog oružništva preimenovano je u Vrhovno oružničko zapovjedništvo kojemu su bila potčinjena zapovjedništva oružničkih pukovnija u Zagrebu, Osijeku, Banja Luci, Sarajevu, Dubrovniku i Kninu. Niže oružničke jedinice bile su oružničke postaje stacionirane u gradovima i većim selima. Na cijelom teritoriju NDH bilo ih je između 600 i 700. eć u kolovozu iste godine Pavelić je potpisao dvije uredbe kojima je jasnije definirana uloga Oružništva koje je označeno kao ‘vojnički ustrojena straža, koja kao dio oružane sile ima vojnički značaj i potpada pod vojničku sudbenost’, a koje u ratnoj situaciji može biti uporabljeno i za posebne vojničke svrhe. Vrhovni nadzor nad oružništvom tim odredbama dobio je ministar hrvatskog domobranstva, već spomenuti Slavko Kvaternik, ali uz dodatak da u izdavanju naročitih odredaba koje se odnose na javni red i mir ministarstvo domobranstva bilo je dužno postupati sporazumno s ministrom unutarnjih poslova.
Uskoro je i raspisan natječaj za popunjavanje oružništva mladićima iz građanstva. Prema pravilniku kandidat je morao biti Hrvat star do 26 godina, a mogli su se prijaviti i vojnici iz domobranstva. Za njihovu obuku organizirana je oružnička koja je trajala šest mjeseci.
Zanimljivo da je u Njemačkoj okupacijskoj zoni organiziranje oružništva teklo bez teškoća, dok je u Talijanskoj okupacijskoj zoni to išlo mnogo teže i sporije. Naime, Talijani su ometali, pa čak i sprečavali, formiranje oružničkih postaja ne samo do potpisivanja famoznih Rimskih ugovora nego i kasnije.
Ustaška vojnica – Prema poglavnikovoj odredbi od 24. travnja 1941. o sastavu i djelovanju ustaškog pokreta Vojnica bila je vojni dio ustaške organizacije Prve jedinice iz kojih se razvila Ustaška vojnica bile su ustaške pripremne bojne, a zadaća im je bila osiguravati red i mir i vršiti politički nadzor nad svojim područjem. Organizirali su ih i vodili ustaški stožernici.
Ustaška vojnica dijelila se na više službi od kojih su glavni bile Poglavnikova tjelesna bojna (PTB) i redovne djelatne bojne. Ostali dijelovi bili su pripremne ustaške bojne, ustaška nadzorna služba, ustaški podmladak i vojno-radna služba.
Poglavnikova tjelesna bojna obavljala je zaštitnu službu Ante Pavelića, a iako je prema pravilniku trebala regrutirati mladiće od 18 do 24 godine ipak su u PTB prvenstveno uključeni ustaše-emigranti (povratnici), dakle oni koji su bili organizirani u ustaše u logorima u Italiji. Ta bojna kasnije je proširena u Poglavnikov tjelesni zdrug (korijenskim pravopisom: Poglavnikov tjelesni sdrug – PTS).
Redovne djelatne ustaške bojne prvotno su stacionirane u Zagrebu, Gospiću, Sarajevu i Mostaru. Od dvije bojne, koje su se nalazile u Sarajevu, potkraj 1941. godine osnovana je ‘Crna legija’ kojoj je na čelu isprva bio Jure Francetić, a kasnije Rafael Boban.
Krajem 1942. godine poglavnikovom uredbom Domobranstvo i Ustaška vojnica spojeni su u jednu vojnu formaciju pod nazivom oružane snage, a Ministarstvo domobranstva je preimenovano u Ministarstvo oružanih snaga. PTS je i dalje ostao van nadležnosti tog ministarstva sve do proljeća 1945. kada je ušao u sastav oružanih snaga, ali samo u pogledu borbene upotrebe, dok je u pravnom pogledu i dalje bio samostalan.
Hrvatski legionari – Odmah nakon napada Njemačke na SSSR Pavelić se obratio Hitleru te izrazio spremnost da hrvatske vojne jedinice sudjeliju u ratu protiv ‘crvenih’. U povijesti je ostalo zabilježeno objašnjenje te odluke koju je tih dana poslaniku NDH u Rimu Stjepanu Periću dao tadašnji ministar vanjskih poslova Mladen Lorković: – Njemačko-ruski rat smatramo za nas izvanredno povoljnim, jer će s jedne strane time pitanje prehrane Europe biti potpuno osigurano, dok s druge strane u susjedstvu Balkana umjesto srbofilske Rusije dolazi Ukrajina… Za učvršćivanje položaja Hrvatske države potrebno je, međutim, da sa svoje strane dademo makar i najmanji prilog. Danas je Poglavnik u tom smislu uputio jedno pismo Fuhreru. Već početkom srpnja organizirana je Hrvatska ojačana 369. pješačka pukovnija čiji se stožer nalazio u Karlovcu, a prvi zapovjednik joj je bio pukovnik Markulj ( kasnije su ga zamijenili pukovnik Viktor Pavičić te potpukovnik Marko Mesić). Nakon završene obuke, početkom jeseni iste godine, pukovnija je upućena na istočno bojište gdje je sudjelovala u ratnim operacijama u sastavu 17. njemačke armije.
Hrvatski legionari imali su na odorama pored njemačkih i hrvatske znakove – grb NDH na kacigi i lijevoj nadlaktici. Sudjelovali su u mnogo bitaka diljem SSSR-a a slavu su stekli u svojoj konačnoj bitci – borbi za Staljingrad, gdje je pukovnija uništena.
Još jedna postrojba je upućena na istočno bojište, ali je bila pod talijanskim zapovjedništvom. To je bio Laki prijevozni zdrug hrvatske legije koji je također doživio tragičnu sudbinu kod Staljingrada gdje je uništen. Iz obje postrojbe samo su rijetki preživjeli te su se nakon godina sibirskih zatvora vratili kući u tadašnju Jugoslaviju gdje su podvrgnuti novoj torturi i preziru ondašnjih vlastodržaca.
Poluvojničke postrojbe – Poglavnikovom odredbom o vojničkoj prednaobrazbi i radnoj službi mladeži u svibnju 1941. godine ustanovljena je Časna radna služba, po uzoru na slične omladinske organizacije u Njemačkoj i Italiji. Ta služba bila je obvezna za sve mladiće starosti od 15 do 18 godina te je trajala četiri mjeseca. Izuzeti su bili oni koji su imai stalni radni odnos.
Novom uredbom o radnoj službi iz srpnja iste godine ustanovljena je i Državna časna radna služba u trajanju od godine dana. Njezini pripadnici korišteni su za razne vojne potrebe, a kako je to bila počasna vojna služba prema hrvatskom narodu, u nju nisu imale pristup osobe nearijevskog podrijetla. Organizacija i vođenje Državne časne radne službe bili su povjereni Glavnom stožeru hrvatskog domobranstva.
Kao posebna organizacija Domobranstva NDH osnovana je i Narodna zaštita čiji je zadatak bio sprečavanje i otklanjanje štetnih posljedica ratnih djelovanja i prirodnih nepogoda.